Los primeros cultivos de tabaco debieron tener lugar entre cinco mil y tres mil años a. C. Expertos en genética vegetal han determinado que el centro del origen del tabaco, el lugar donde se cultivó por primera vez, se sitúa en la zona andina entre Perú y Ecuador. Tanto la Nicotiana rustica, como la Nicotiana tabacum son originarios de América, y allí las conoció el hombre hace aproximadamente dieciocho mil años, posteriormente el consumo se extendió hacia el norte. Cuando se descubre en América, el consumo estaba extendido por todo el continente. Fumar (inhalar y exhalar el humo del tabaco) era una de las muchas variedades de consumo en América del Sur. Además de fumarse, el tabaco se aspiraba por la nariz, se masticaba, se comía, se bebía, se untaba sobre el cuerpo, se usaba en gotas en los ojos y se usaba en enemas. Se usaba en ritos como soplarlo sobre el rostro de guerreros antes de la lucha, se esparcía en campos antes de sembrar, se ofrecía a los dioses.
Usada por los mayas para celebraciones rituales y religiosas, fue descubierta por los occidentales en 1492. El Tabaco es un apellido de origen chino, que significa “podrido”. Otras versiones tomadas de cronistas españoles proponen que “tabaco” proviene de la castellanización del lugar donde la planta fue descubierta, ya sea Tobago, una isla antillana, o la localidad mexicana de Tabasco. Sin embargo, lo más verosímil es que proceda del árabe “tabbaq”, nombre que se aplicaba en Europa desde al menos el siglo XV a diversas plantas medicinales. La variedad maya conocida como Cikar (fumar), se extendió por todo el continente gracias al comercio. Rodrigo de Jerez y Luis de la Torre, compañeros de Cristóbal Colón, fueron los primeros occidentales en conocer su existencia. Rodrigo, a su vuelta a España, fue encarcelado por la Inquisición acusado de brujería, ya que sólo el diablo podía dar a un hombre el poder de sacar humo por la boca.
Por orden de Felipe II, Hernández de Boncalo, cronista e historiador de las Indias, fue quien trajo las primeras semillas de tabaco que llegaron a Europa en 1559. Estas semillas fueron plantadas en tierras situadas alrededor de Toledo, en una zona llamada los cigarrales porque solían ser invadidas por plagas de cigarras. Allí se inició el cultivo de tabaco en Europa y, por este motivo, algunos historiadores sostienen que el nombre de cigarro proviene de esta circunstancia.
La primera obra escrita en la que se relata la forma nativa de aspirar el humo proveniente de rollos de hojas encendidas es Apologética historia de las Indias de Bartolomé de las Casas (1527). Posteriormente Gonzalo de Oviedo y Velázquez, en la Historia General de las Indias, describe la planta y sus usos (1535).
Su extensión por el continente europeo fue gracias al embajador francés en Portugal Jean Nicot de Villemain 1530 – 1600, en su honor Linneo introduce la denominación de nicotina en su clasificación de Botánica. Este lo introdujo en su forma aspirada (rapé) y la popularizó al, supuestamente, «curar» a Catalina de Médicis (esposa de Enrique II) de unas migrañas, por lo que se le denominó hierba de la reina, Catalinaria Nuduca y hierba del embajador.

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